Sono presenti in gran parte alle opere provenienti dalla distrutta chiesa duecentesca di San Francesco, dei Francescani Conventuali; si tratta di opere d’arte notevoli, come il polittico, integro della sua bellissima carpenteria, di Jacobello di Bonomo (Madonna con il Bambino, Crocifissione e santi, 1385) e come la tavola d’altare donata da Antonello Zampeschi, opera di Luca Longhi (Madonna con il Bambino, santi e donatore, 1531).
Contiene inoltre iscrizioni, pietre tombali, tarsie lignee.
